Windows에서 rpy2 환경설정

리눅스에서 rpy2 패키지를 사용할 때는 별다른 설정 없이 실행이 되어 편하게 사용하였는데 Windows에서는 설정을 요구하는 것 같았다. 그래서 환경설정하는 방법을 정리하고자 한다.

가상환경 생성

우선 아래 작성한 가상환경은 volcano Plot을 그리기 위해 생성한 가상환경인데 환경설정과 무관하므로 자유롭게 변경하면 된다.

conda create -n volcano -c conda-forge python r rpy2 r-ggplot2 r-essentials r-devtools r-locfit jupyterlab pandas numpy matplotlib

환경변수 설정

우선 제어판 > 시스템 환경 변수 편집을 실행해보자.

아래와 같은 화면이 떴다면 환경 변수(N)를 클릭해주자.

시스템 변수에 PATH를 편집하여 가상환경의 위치 아래에 있는 Scripts까지 추가해주자.

새로만들기를 통해 R_HOME과 R_USER를 생성하자.

R_USER는 사용자 컴퓨터의 계정명으로 나의 경우 C:\Users\qkdrk에 해당한다.

또한 R_HOME은 가상환경 하의 Lib폴더 하위 R이라는 폴더이므로 나의 경우

C:\ProgramData\Anaconda3\envs\volcano\Lib\R가 된다.

Python 내에서 환경변수 설정

만약 환경변수를 python 내에서 필요할 때마다 설정하고 싶다면 아래와 같이 코드를 자신에 맞게 수정하여 실행하면 된다.

os.environ['R_HOME']="C:\\ProgramData\\Anaconda3\\envs\\volcano\\Lib\\R"
os.environ['R_USER']="C:\\Users\\qkdrk"
os.environ['Path']= rf"{os.environ['Path']};C:\\ProgramData\\Anaconda3\\envs\\volcano\\Scripts"